Die historiese tydperk van Egipte het begin by die draai van die derde en vierde millennium voor die geboorte van Christus. Die antieke kulturele tradisie, wat die invloed van indringers en interne omwentelinge ondergaan het, het geduur tot die aanvaarding van die Christendom in die vierde eeu nC. Vir byna drie en 'n half duisend jaar het die lys en funksies van die Egiptiese gode aansienlike veranderinge ondergaan. Egiptiese gode het kenmerke en name verkry wat kenmerkend is van hul bure - Assiriërs, Hetiete, Hyksos, Hellene.
Na die vereniging van Egipte onder die heerskappy van 'n enkele heerser, het baie gode van individuele streke en stamme van die land die gemeenskaplike pantheon binnegegaan, maar die meeste van hulle is slegs vereer in die omgewing waar hul kultus ontstaan het. Sommige gode het geleidelik 'n algemene Egiptiese betekenis gekry. Die godin Bastet, wat 'n katkop het, het ongetwyfeld gegroei uit 'n kultus van verering van katte as bewakers van graanreserwes van muise. Landbou het 'n groot rol in Egipte gespeelrol, anders as byvoorbeeld Hellas, wat hoofsaaklik weens handel en militêre verowerings gestyg het. Antropomorfiese Egiptiese gode is dikwels toegerus met die kop van 'n dier, op grond van die verering waarvan hierdie of daardie kultus ontstaan het. Byvoorbeeld, die god Thoth het die kop van 'n ibis gehad, die godin Sokhmet (Sekhmet) het die kop van 'n leeu gehad, Anubis het die kop van 'n hond gehad.
Soos sekere gebiede van die land opgestaan het, was daar 'n verandering van dinastieë of die "verskuiwing" van die hoofstad na 'n nuwe plek, het die Egiptiese gode van die "eerste ekelon" ook verander. 'n Interessante kenmerk van die antieke Egiptiese godsdiens was die teenwoordigheid van 'n groot aantal kosmogoniese mites (dit wil sê weergawes van die oorsprong van die wêreld), en in elke lokaliteit het die plaaslike godheid die hoofrol in hierdie moeilike saak gespeel.
Egiptiese gode in sulke groot getalle, wat die basis geword het vir plaaslike separatisme, was ongetwyfeld nie deur 'n enkele land nodig nie. Daarby het talle kultusse die besteding van 'n groot hoeveelheid materiële hulpbronne vereis, wat met veel groter voordeel bestee kon word aan die interne reëling van die land, aan die instandhouding van die weermag, ensovoorts. En met groot rykdom en invloed, het die priesterlike geslagte die alleenmag van die farao direk bedreig.
Alles in ag genome, stel Farao Amenhotep IV, wat die naam van Akhenaten neem, die kultus van 'n minderjarige streekgod Aton (die vergoddelikte sonskyf) as 'n algemene Egiptiese godsdiens bekend. Maar die tradigheid van tradisie was te sterk, en Achnaton sterf voordat hy die ouderdom van veertig bereik het. Volgens die mees oortuigende weergawe was hyvergiftig. Die vervolging het weliswaar nie die familie geraak nie, en sy vrou (die beroemde Nefertiti) het baie jare ná haar man se dood bly lewe.
Na die Persiese en later die Helleense oorname van die land, begin die Egiptiese gode en godinne geleidelik hul vorige invloed verloor, verval. Hulle smelt saam met die gode van die indringers. Byvoorbeeld, Alexander die Grote is in Egipte vereer as die seun van Zeus-Amon, 'n sinkretiese Egipties-Hellenistiese godheid.
Toe die Egiptiese gode, wie se name beide plaaslike en gemengde oorsprong gehad het, begin plek maak vir 'n nuwe godsdiens – die Christendom, het die vergetelheid van antieke Egiptiese geskrifte geleidelik begin. In die bewind van keiser Konstantyn het die laaste draer van die Egiptiese godsdienstradisie gesterf, waarna die name van die antieke Egiptiese gode vir baie eeue slegs uit die geskrifte van Griekse en Romeinse historici bekend was. Maar albei van hulle het kennis gemaak met die Egiptiese kultuur in 'n tyd toe dit reeds besig was om te kwyn, en dit is onwaarskynlik dat die priesters vreemdelinge (dikwels aggressiewes) in die geheime van hul godsdiens ingewy het.
Pogings om die antieke hiërogliewe te ontsyfer is herhaaldelik deur beide Arabiese wetenskaplikes en Europeërs aangewend, maar tevergeefs. En eers aan die begin van die negentiende eeu het die briljante taalkundige Francois Champollion daarin geslaag om die sleutel tot die ontsyfering van die Egiptiese tekste te vind. Vanaf daardie oomblik het die moderne era van die bestudering van die geskiedenis en kultuur van Antieke Egipte begin.